李斯听说之后，知道自己被赵高给耍了，马上就向秦二世上书，进行反驳，他说：“赵高独揽大权，权力已经和陛下没有什么区别了。从前，田常当齐国的相国，窃取了齐简公的恩德威势，下得百姓爱戴，上获群臣支持，最终杀掉了齐简公，夺取了齐国，这是天下人都知道的故事。如今赵高有邪恶放纵的心意，阴险反叛的行为，他私家的富足，与田氏在齐国一样，而又贪得无厌，地位权势仅次于君主，欲望无穷，窃取陛下的威信。陛下如果不设法对付，我怕他是必定会作乱的。”

　　李斯的话虽然看起来有点儿狗咬狗的意思，但其实却句句是实，只可惜秦二世对赵高的信任早就已经超出一般可以理解的范围了，他想都没有想就反驳道：“这是什么话，赵高本来就是个宦官，但他却从不因为处境安逸而胡作非为，不因处境危急而改变忠心，他行为廉洁向善，靠自己的努力才得到今天的地位。他因忠诚而得到进用，因守信义而保持职位，朕确实认为他贤能。但您却怀疑他，这是为什么呢？而且朕不靠赵高，又当用谁啊？何况赵高的为人，精明廉洁，强干有力，对下能了解民心，对上则能适合朕的心意，就请您不要猜疑了！”

　　李斯听到秦二世的这些话，只怕当时肺都要气炸了，秦朝的国君满脑子都是这种愚蠢的想法，不知道他会不会感觉到很心凉。但其实反过来想想，也挺能够理解秦二世的，对于赵高这样一个从小时候就照顾自己的人，而且自己的所有人生都是他规划的人，自己的皇位也是他谋划的人，怎么可能随便怀疑呢？秦二世对赵高的依赖已经到了骨子里，很难抹去了。
　　秦二世太喜欢赵高了，还生怕李斯会干掉赵高，就偷偷把这些话全都告诉了赵高。赵高一听，知道自己和李斯已经势同水火不能共存了，就反咬一口：“我认为如果我死了，丞相就会去做田常的那些事，而没有人能够阻止他了。”
　　经过李斯这么一闹，其实相当于秦二世和赵高已经统一了意见要弄掉他，只不过还在等一个合适的理由。
　　“欲加之罪何患无辞？”找个理由还不简单，没多久就找到了。

　　由于关东起义军们实在闹的太厉害，李斯觉得现有的秦军已经开始有点儿打不过了，就提议暂时停止修建阿房宫，让几十万的征夫先去打仗，解燃眉之急。这本是个应急的好计策，可秦二世却大怒说：“大凡能够尊贵享有天下的，就在于可以极尽享乐。如今天下安定，就应该对外排除四方，对内修建宫殿来表达心意。朕在位的这两年里，盗贼纷起，你们身为臣子没能够好好的阻止，却要来阻止我延续先帝修建宫殿的事业，这是上不能报答先帝，下不能效忠于朕，这么无能凭什么还占据官位！”

　　听了秦二世这一番旷古未有的可笑论断和奇怪逻辑，和李斯一起上书的很多大臣都对秦王朝彻底死心了，选择了直接自杀，一了百了。只有李斯自己还放不下，还抱着一丝希望想苟活下来，就被抓到了监狱。
　　日期：2013-08-29 17:04:05
　　秦二世把李斯交给赵高，赵高把李斯全家所有的亲戚和宾客都给抓了起来，严刑拷打，屈打成招。
　　李斯之所以认了罪还不自杀，是觉得自己立过很多功劳，而且他善于辩论，想要上书自辩来洗清冤屈，希望秦二世能够幡然悔悟将他赦免。
　　李斯在狱中上书：“我任丞相治理百姓已经三十多年，曾赶上秦国疆土狭小，方圆不过千里，士兵仅数十万的时代。我竭尽自己微薄的才能，暗地里派遣谋臣，供给他们金玉珍宝，让他们去游说诸侯，同时暗中整顿武装，政治政令，擢升能战善斗的将士，尊崇有功之臣。故而终于能以此胁迫韩国，削弱魏国，击破燕国、赵国，铲平齐国、楚国，最终兼并六国，俘获了他们的国君，立秦王为天子。接着又在北方驱除胡人，在南方平定百越，以显示大秦的强大。并改革文字，统一度量衡，颁布于天下，以树立秦王朝的威名。现在所有罪名我都承认，但希望皇上能够让我竭尽所能，苟活下来继续为大秦效力。”

　　李斯上书的核心意思其实就一句话：“我有罪，但我很牛逼，请陛下让我继续发挥作用。”
　　只可惜李斯用心良苦，秦二世最终却连一个字都没有看到，赵高直接就给截了下来，说：“囚犯怎么可以上书。”便扔到了一旁。
　　虽然李斯承认了罪名，但赵高怕他再见秦二世的人的时候又临时翻供，把事情说给了秦二世。赵高派自己的门客假扮成朝廷里的各种人，御史、谒者、侍中，轮番去问李斯，先后有十几批，如果李斯翻供说实情就让人再对他严刑拷打，如果李斯老老实实的承认罪名就暂时放过他。这样时间一长，李斯见到谁都不敢说真话，以至于最后秦二世真的派人去偷偷问李斯的时候，李斯还以为是赵高的人，还是老老实实的认了自己的罪名，葬送了最后的一丝丝希望。

　　此时，秦二世之前派去调查李斯的儿子三川太守李由的人也已经回来，李由已经兵败身亡为起义军所杀，也查不出来什么东西，赵高就随便捏造了一些李由的罪名，和李斯的罪名合在一起，最终定罪诛杀全族。
　　秦朝的一代名相李斯和他的几个儿子一起在咸阳城被腰斩，成就了他一生功业的地方最终也成了他的断头台，沙丘之乱时他为了一己私利而选择的主子和同伙，最终联手把他杀害。
　　真是时也命也，天作孽犹可恕，自作孽不可活。