武德五年（公元622年）十一月，太子部下王珪、魏徵劝说太子:“秦王功盖天下，中外归心;而殿下不过是因为年长才被立为太子，没有大功可以镇服天下。现在刘黑闼的兵力分散逃亡之后，剩下不足一万，又缺乏粮食物资，如果大军进逼，势如摧枯拉朽。殿下可自请出征，讨平残孽，取得功名，而且可以借此结识山东豪杰，储位就可以保住了。”李世民功劳最大，太子您只有年长这一个优点而已,必须争取立功。李建成依计向皇帝请战，得到批准。

　　武德六年（公元623年）正月，太子李建成平定刘黑闼之后，凯旋回朝。回来以后，李建成开始不遗余力地扩充武装力量，他擅自招募长安及四方的骁勇之士两千余人，分别驻守东宫的左、右长林门，号长林兵。李建成还暗中派遣右虞侯率可达志前往幽州，从燕王李艺的旧部中抽调了三百名精锐骑兵,秘密屯驻东宫附近诸坊，准备充实东宫卫队。可骑兵刚刚进驻长安不久，就被告发到皇帝李渊那里。李渊把李建成召去训斥了一番，将东宫将领可达志流放巂州（今四川西昌市）。

　　李建成很窝火，告密者肯定是秦王的人。可既然是自己违规操作被人抓了小辫子，他也只好忍耐。齐王李元吉却不想忍耐，他频频怂恿太子先下手为强，干掉李世民。他对李建成说：“当为兄手刃之！”李建成觉得时机尚不成熟，没有答应。
　　李元吉嫌老大优柔寡断，决定自己找机会动手。有一次李世民陪同李渊莅临齐王府，李元吉遂命护军宇文宝埋伏在内室，准备刺杀李世民。李建成察觉之后，连忙制止了他。在他看来，老四这么做简直就是玩火自焚。在他自己的府上、在皇帝的眼皮底下行凶杀人，就算得手，刺客宇文宝能逃得掉吗？万一宇文宝招供，你李元吉能逃得掉吗？就算他不招，你齐王身为主人，难道不负主要责任？李元吉愤愤不平地说：“我这是为哥哥着想，对我有什么好处！”

　　武德七年（公元624年）六月三日，李渊与秦王李世民、齐王李元吉等去仁智宫避暑,让太子李建成居守长安，主持日常政务。他的銮驾刚出长安，太子手下的郎将尔朱焕和校尉桥公山就押着几车崭新的盔甲悄悄离开京城，一路向西北方向急行。二人奉太子之命，准备将盔甲运往庆州（今甘肃庆阳县），交给都督杨文干。

　　杨文干曾是东宫宿卫，离开东宫后曾秘密为东宫运送过勇士,与太子李建成关系十分密切。很显然，这又是一次违规操作。李建成自以为这次私运兵器同样做得神不知鬼不觉。可他没有想到，他的这些举动全在秦王府的监视之下。
　　尔朱焕和桥公山到达豳州（从长安到庆州要经过豳州、宁州）后就不再往前走了，他们突然向豳州地方官举报，声称有重大案情要上告。豳州地方官不敢怠慢，将他们送到了天子所在的仁智宫。尔朱焕和桥公山随即向李渊面奏，指控太子李建成准备与庆州都督杨文干里应外合，趁天子不在京城，发动兵变。
　　这时候又有一个宁州（今甘肃宁县）人杜凤举也赶赴仁智宫告发了太子，他的指控和尔朱焕、桥公山如出一辙。李渊极度震惊，他不敢怠慢,立刻找了一个理由传令太子到仁智宫面圣。无论太子谋反是真是假，他都必须在第一时间把太子李建成控制住。
　　接到李渊的手诏后，李建成懵了，皇帝为何平白无故召自己上山？他的第一反应就是私运盔甲之事被秦王告发了。私运盔甲虽然不是什么死罪，但众所周知庆州都督杨文干是东宫旧部、太子嫡系，这极易让人产生丰富的联想。何况此前可达志的事情已经是一次严厉的教训，这次他又明知故犯，皇帝一定会大为震怒，否则也不会这么急着召他去行宫。

　　幕僚们开始七嘴八舌地献计。太子舍人徐师谟提议，趁皇帝不在，干脆起兵把京师占了。詹事主簿赵弘智则认为：太子应该贬损车服，摒弃随从，独自上山向皇帝请罪。李建成觉得还是后者比较理性，于是带着东宫属官前往仁智宫，在距行宫六十里外的毛鸿宾堡，他命随从们留下，然后带着十余个侍卫上山。
　　在李渊面前，李建成虔诚表白，他“叩头谢罪，奋身自掷,几至于绝”，一副被冤枉的样子。李渊一脸怒容不为所动，当晚只给了他一碗麦饭充饥，并命人严加看管。李渊随即命司农卿宇文颖赶赴庆州，召杨文干前来面圣。
　　宇文颖来到庆州，将情况告诉杨文干，杨文起兵造反。宇文颖跟杨文干说了什么？杨文干为什么不顾一切悍然起兵呢？皇帝对谋反之事只是有所怀疑并未确认，他起兵造反只能坐实李建成谋反之罪，让太子跳进黄河也洗不清。在尔朱焕、桥公山、杜凤举、宇文颖这几个看上去毫不相关的人背后，是否有一只看不见的手在操控一切呢？
　　武德七年（公元624年）六月二十四日，杨文干兵变爆发，消息传到仁智宫，李渊勃然大怒，同时也感到极度伤心和失望。因为杨文干的行动等于承认了他与太子串通谋反的事实。次日，李渊立刻派遣左武卫将军钱九陇，会同灵州（今宁夏灵武市）都督杨师道出兵讨伐杨文干。
　　六月二十六日，李渊召见了李世民，询问他的看法。李世民不假思索地说：“杨文干这小子竟敢如此狂逆！儿臣以为，他很快就会被自己的部将所杀。即便他没有被杀，派遣一个普通将领也足以将他讨平。”

　　李渊摇了摇头，说：“不然。杨文干的事情关连着建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不能效法隋文帝自诛其子，应该给建成留条后路。平定叛乱之后，我封他为蜀王，蜀兵脆弱，如果以后他能够服从你，你要保全他的性命；若不服从，你要制伏他也易如反掌。”
　　杨文干兵变最终促使李渊下定决心——废黜太子，改立秦王。至此，整个太子谋反事件最大的获益者就站在我们面前了，秦王李世民。
　　李建成谋反的可能性几乎不存在。虽然太子李建成与秦王李世民的矛盾由来已久，且有愈演愈烈之势，但李建成的储君地位始终稳固。事实上，当秦王势强、太子势弱的时候，李渊也始终站在抑制秦王、扶持太子的立场上，否则也不会在刘黑闼第一次起兵时迟迟不愿起用李世民，更不会在刘黑闼二次起兵时全力支持李建成挂帅出征，建立战功。而李建成讨平刘黑闼之后，声望显著提升，势力有所增强，储君地位也随之巩固，根本无须担心被李世民取而代之。

　　武德中后期，李渊对世民“恩礼渐薄”，而建成和元吉则“转蒙恩宠”（《旧唐书·隐太子建成传》），只要李建成保持现状，等到李渊百年之后，天子宝座自然就是他的。

　　而且就算李建成要将李渊和李世民一网打尽，那么他也应该是首先在长安发动政变，控制李渊，消灭李世民，掌握了中枢大权后，再命令杨文干在外围起兵响应。可李建成偏偏等李渊去了仁智宫，才让杨文干在异地起兵。此时无论是李建成从长安发兵还是杨文干从庆州发兵，一路上都必须经过高祖仍然有效控制的州县，最后才能打到宜君县的仁智宫。这不但是鞭长莫及，而且是打草惊蛇。李建成纵然军功不及李世民，可他也是开创李唐的元勋之一，其政治智商断不至于如此低下。