很快日军机群就遭到空空导弹的攻击，日军飞行员发现之前一切的干扰手段在中国导弹面前全部失去作用，“轰轰”一阵爆炸声传来，40多枚导弹准确命中目标，日本先头机群一下子损失了一半飞机。佐佐木急急向大本营报告：“我方遭到导弹袭击，现已损失大半空中力量，请求返航”
　　东京大本营接到前方报告后，反复考虑之后先头部队试探中国军事力量的目的已经达到，随即命令佐佐木全体撤出战区。“各编队独自想办法撤向那霸军港”佐佐木接到大本营指示后随后下达撤退命令。
　　“报告长官日军向东逃跑”正在预警机指挥作战的李飞随即将日军的最新动态传给后方的编队司令部，伍世文接到前方情报后处于谨慎的考虑命令飞机部队在确定日军退去后也返回航母上，这毕竟是中国海军航空兵第一实战，小心谨慎一些总没有错。中日第一冲突中中国以零伤亡消灭日本40架飞机取得完胜，林峰收到前方捷报感到十分高兴，这次小规模空战也极大提高了台湾空军战胜日本的信心。

　　第一次空战之后日本大本营已经意识到日本在空战技术方面落后中国太多，而且海军方面自中国航母下水之后中日就不在一个数量级上。现在日军海军唯一仰仗的就是刚刚服役的五艘“涡潮”级常规动力潜艇。
　　“涡潮”级潜艇是日本在战后建造的第四级常规动力潜艇。与前三级相比，“涡潮”级采用了大量新技术，在当时称得上是一型先进潜艇。它以美国“长颌须鱼”级潜艇为母型，采用了使潜艇水下航行阻力最小的纯水滴形艇型，艇尾安装十字形垂直舵，螺旋桨则安装在舵的后面，常规潜艇采用这种先进艇体结构在日本是首次，在世界也寥寥无几。
　　“涡潮”级潜艇采用双壳体结构，耐压壳体使用日本新研制的在当时较为先进的NS63高强度钢制成，使潜艇下潜深度达到200米。该级潜艇还大量安装先进的电子设备，使潜艇*纵的自动化水平有很大的提高。“涡潮”级潜艇不仅在外形上与“长颌须鱼”级相似，而且其排水量、主尺度等其他方面也很相似。其艇长72米，吃水7.4米；水上排水量1900吨，水下排水量2430吨；水上航速12节，水下航速20节；采用柴电推进系统，有2台柴油机和1台主推进电机及4组铅酸蓄电池。但“涡潮”级有一点与“长颌须鱼级”潜艇不同，其6具533毫米鱼雷发射管并不放在艇首，而是放在艇舯，这种布置在常规潜艇是非常少见的。鱼丨雷丨管移至舯部，就可留出艏部舷外空间布置大型水声设备，以提高艇的探测能力。潜艇的主要武器是16枚89型日本国产重型鱼雷。

　　日本大本营打算利用这五艘新型潜艇以及从美国引进的五艘“长颌须级”潜艇组成潜艇突击群，一举突破航母编队防御圈打击中国航母，只要击沉或重伤中国航母日本就会在这场战争中占据主动权。
　　10时，中国航母编队抵达琉球群岛150公里海外，日本联合舰队的第1、2、3护卫舰队和潜艇攻击群同时向中国舰队驶来，而且那霸机场的空军部队已经做好随时支援的准备。
　　当中国航母舰队抵达琉球群岛，日本海军已经严阵以待，由于双方战略回旋空间太小根本来不及布置什么包围圈，因此这是一场针尖对麦芒的战斗。
　　10时11分，那霸空军机场155架飞机全部起飞准备空袭孔子号航母，编队司令伍世文冷笑一声看着显示屏上不停闪烁的光点（这些都是日军的飞机），对身边的参谋下达作战命令：“开启舰队防空系统”。
　　随着伍世文一声令下中华神盾系统全力运转，通过先进的火控系统“长矛”、“利剑”、“匕首”远、中、近程导弹全部处于待发状态。“导弹发射准备完毕，请求发射”两艘城市级防空型驱逐舰上的值班员向各自舰长报告。
　　“发射导弹30秒倒计时，30、29、、、10、9、8、、、、2、1，发射！”指挥员一声令下两百枚防空导弹呼啸着飞向日本机群。这些导弹采用了激光和红外联合制导技术，极大增强了抗干扰能力。
　　日军一飞行员只是看到一阵闪光之后，就发现自己这边飞机发射的干扰弹一点用处都没有，紧接着他就看到自己一方的飞机被中国的导弹不断的击落，许多飞行员连跳伞都来不及随飞机一桶葬在大海之中，这些情况让他心惊胆颤。正当他像个无头苍蝇一般乱撞时，机载航电系统发出已被锁定的警告，只见他匆忙中将所有干扰弹发射出去，同时抛弃副油箱和一切负重，做完这些之后调转机头向着那霸机场全力飞去。

　　十分钟之后这场低强度的舰队防空战斗就结束了，在中国航母编队强大的防空能力面前，日军那点可怜的航空力量还没掀起什么浪花就全军覆没了，这些日本空军飞机还没看到中国航母编队就被舰队的防空导弹给击落了。
　　这次战斗之所以轻松获胜中华神盾系统发挥了巨大的作用，它使中国舰队一方实现了在先敌发现、先敌击落的预期目标。舰队司令伍世文接到参谋报告的战斗结果后，随即命令舰载机和无人机开始对琉球的军事设施进行空中打击。
　　此时琉球的空中力量基本上已经损失殆尽，但是它的防空力量还是很强的，美军撤退之后就将所有防空力量交给日本人。这包括一个M163式20mm6管火神高射炮营，60套世界上第一种单兵肩射防空导弹——“红眼睛”，还有一个M48“小槲树”导弹防空营。
　　“小槲树”地空导弹是美国1965年在“响尾蛇”空空导弹基础上研制的一种对付低空目标的近程防空导弹，代号MIM－72。主要用于昼间野战防空，适宜打击目视范围内的空中目标，属陆军第二代地空导弹系统。1969年开始装备部队，是美陆军师一级的主要防空武器。整个系统分为自行式和牵引式，其中自行式由导弹、发射架和M－730履带车组成，公路行驶速度约60公里／时，行程504公里，乘员5人，可两栖输送，具有三防设备；除在架四联装导弹外，每辆发射车上还备弹12枚。导弹可行进间发射，发射时１人*作，4分钟就可装填4枚待发导弹完毕。“小槲树”属点防御防空系统，导弹的最大射程为6000米，射高3000米，采用双色红外寻的头，具有迎头攻击和较强的抗干扰能力。“小槲树”导弹曾经多次改进，其中MIM－72F型使用无烟推进剂和新型寻的头，目前那霸军港日军总共装备了近400枚导弹。

　　现在琉球的日军可以说已经完全处于紧张状态，所有的防空雷达都在全力搜索来袭的中国飞机，但是让日军大本营感到纳闷的是无论日军雷达部队怎么努力也无法找到一点关于中国机群的信息。这让入侵琉球的日军感到大为震惊，如果无法准确捕捉来袭飞机的位置，将使琉球的日军全面处于被动挨打的地位。
　　为了改变不利的局面，日本大本营命令日本联合舰队第1、2、3护卫舰队和潜艇部队趁着中国舰载机出动的时机全力攻击航母编队。日军的一举一动都在中国侦察卫星的监视下，日方的军力调动刚刚开始，中国军方就已经获得所需的情报。